Cecilia Bouzat sinh ngày 10 tháng 12 năm 1961 tại Bahía Blanca, Argentina. Là con gái và cháu gái của các bác sĩ, cô là người con thứ ba trong số sáu anh chị em và bắt đầu quan tâm đến khoa học từ rất sớm.[1]

Vào năm thứ hai hoặc năm thứ ba đại học của Bouzat, cô tin rằng mình muốn bắt đầu sự nghiệp trong ngành khoa học. Cô đã nhận được bằng cấp và bằng tiến sĩ về Khoa học sinh hóa tại Đại học Nacional del Sur của Bahía Blanca ở Buenos Aires, Argentina. Sau khi hoàn thành bằng Thạc sĩ, Bouzat nghiên cứu tiến sĩ tại Hoa Kỳ tại Phòng khám Mayo ở Rochester, Minnesota, vào năm 1994.[2]